0. Провериться на вирусы.
1. Загрузиться в Safe-mode. Если будет глючить всё равно - однозначно переставлять Windows "с нуля". Format c: делать не обязательно, достаточно переименовать из DOS во что-то C:Program Files и C:Windows и ставить как обычно (в C:Windows, а не в переименованную папку). Оставленные каталоги можно потом понемногу разгребать на предмет вытаскивания оттуда нужных настроек, случайно сохранённыхне туда файлов и т.п.
2. Если в Safe-mode всё ок, то вырубаем ВСЁ резидентное. Из autoexec/config, из system.ini, из win.ini, из HKEY_LOCAL_MACHNIE(и HKEY_USER)/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run* из реестра и из Автозагрузки. Если у тебя Win98 и выше - можешь попробовать (Пуск->Выполнить...) программку msconfig - умеет много отрубать всего. Особенно полезно в подобных случаях отрубать AVP. Под WinNT/2K/XP также нужно повырубать все ненужные для теста сервисы. Если всё ок - значит глючит один из резидентов. Разбирайся сам, какой методом включения/выключения.
3. Если не помогает, то переустановка системы по методу из пункта 1.