Частота кварца важна только для UART. UART используется только для связи с компом. Скорость UART = частота кварца / (16*N) (это для AVR). Единственная проблема "неправильных" кварцев - не удается подобрать такое N, чтобы погрешность скорости была небольшой (желательно не более 1%, хотя при отсутствии помех уарт может "переварить" и 3-4%. В даташите любого AVR в разделе USART или UART есть большущая таблица, где дла десятка-другого самых ходовых кварцев уже посчитаны погрешности на типичных скоростях.
I2C и SPI - синхронные каналы, там есть отдельный тактовый сигнал (clock), по фронту или спаду которого производится выдача или прием очередного бита, поэтому ему абсолютно пофиг на частоту в пределах 10-20%, лишь бы не была вдвое выше номинала
В общем, если есть 14.7456 - ставь его, если нету - ставь 12 или 16, в общем что есть. А, единственное "но" - я за темой плотно не слежу, питание атмеги 5 или 3.3? Если 3.3, то кварц надо не больше 8 МГц.
Насчет памяти - +1 к AT24C1024B или аналогичной spi флешке. Сильно хочется гигабайты - тогда SD карточку в режиме SPI, примеры есть в инете. USB host для начинающего очень не рекомендую, даже на спецчипе = лишний месяц отладки.
На SPI можно вешать много устройств, скажем если сильно надо - можно повесить и гиру, и память - сигналы MOSI, MISO и SCK все впараллель, сигналы CS от гиры и от памяти - на разные ноги атмеги и никогда не выдавать на них сразу два 0, только по очереди.