Если предохранители горели даже в режиме гриля, то трансформатор тут не при чём. Он включается только для работы магнетрона.
Несколько раз сталкивался с СВЧ печами, у которых часто горели предохранители. Причина была в несогласованной работе блокирующих выключателей двери. Скинь один из проводов идущих на первичную обмотку трансформатора и проверь печь в работе.
А предохранитель всё же поставь.