При пиковой загрузке - всего несколько процентов CPU
Тогда точно ищите баги.
Кстати, если его отключить, загрузка на сервер ЗАМЕТНО возрастёт. Результаты запросов будут отдаваться в 5..7 раз медленнее, соответственно, процессы будут жить в 5..7 раз дольше.
Ну это смотря где узкое место.
Я же расписал в параллельном топике источники проблем.
А я его читаю?

Ну очень проблема похожая, было у меня такое. Без всякого MySQL на текстовых файлах ака флатах.

Найти было очень трудно, хостер был очень рад, когда скрипт периодически (раз в месяц где-то) почти пускал сервер со всеми сайтами в даун. Потом совместными усилиями нашли таки проблему. Было бы смешно, если бы не было так грустно... Промудохались полмесяца, а оказалось - подпрограмма вывода ошибки вызывала в определённой ситации подпрограмму вызхова ошибки, причём сиутация была связана с куками. Понятное дело, что это безобразие повторялось бесконечно, при это записывая честно отчёт в лог ошибок конференции. Итог понятен - за несколько минут сервер грузился под завязку. Лог этот вырастал в зависимости от того, когда админ убивал процесс, то до 150-300мб, то до 3 гб.

А мы ещё на DoS грешили...
По поводу MySQL - ну, скажем так, всё может быть, но в принципе бывают форумы и побольше на нём, ничего, живут... Я со многими людьми разговаривал, кто на нём уже много лет пишет - никогда такого не слышал. Хватает у него недостатков, но не настолько же.
Впрочем, вам конечно виднее, я же не имею данных по функционированию сервера.
Так сказать мимоходом заметил.
Я же написал чуть выше, что загрузка показывается условная, а не CPU.
Да это конечно понятно (впрочем, эту загрузку по-моему сам *nix вываливает, так что...), но сервер тут тоже не 486SX... Тем паче что когда эта радость происходит (был пару раз очевидцем), script execution time вырастает до неприличия. Даже для ошибки при 200% загрузки.
Сами не летаем и другим не дадим © Войска ПВО