Фрагментация возникает только при модификации файлов. При записи - нет. Вот простой пример, откуда она берётся. Пусть мы записали 4 файла и они получили на диске такое расположение, заняв его целиком:
1111112222222222233344444
Удаляем файл 3:
11111122222222222---44444
Удаляем файл 1:
------22222222222---44444
Пытаемся записать файл 5, длиной бОЛьший, чем 1. Он в непрерывную область не влезает. Приходится его резать на части:
5555552222222222255-44444
Грохнем файл 2:
555555-----------55-44444
Теперь наблюдаем кроме фрагментации файлов ещё и фрагментацию пустого пространства. Понятно, что схема очень упрощённая, реально всё сложнее, в частности, операционные системы стараются уменьшать уровень фрагментации выбирая куски пространства на диске так, чтобы минимизировать потенциальные проблемы, но, во-первых, всегда остаётся фрагментировано пустое пространсто, во-вторых, при забивке винта почти под завязку фрагментация растёт очень стремительно.