Шрифты вовсе необязательно включаются в акробатовский документ. Если в нём используются только стандартные системные шрифты, то их можно и не включать.
Проблемы возникают из-за того, что набор стандартных шрифтов разный в разных дистрибутивах, и, вдобавок, программы типа офиса ставят свои шрифты, которые потом тоже можно использовать в пдф-ках.
Из-за этого внутри офиса, особенно, контролируемого нормальным сисадмином, документ может читаться и печататься нормально, а при выносе его за пределы офиса могут случиться проблемы.