С началом войны против Японии флотилии были переданы все сторожевые катера пограничной охраны на реках Амур и Уссури и 106 мобилизованных гражданских судов.
И при высадке десанта, и при дальнейшем использовании порта Расин серьезным препятствием для кораблей Тихоокеанского флота и судов являлась минная опасность. Всего с 12 июля по 11 августа самолеты 20-го бомбардировочного командования США поставили у портов Расин, Сейсин и Гензан 780 неконтактных мин58. 12 августа в 15 часов 20 минут подорвались на мине ТКА-568 и ТКА-567. Взрыв произошел, когда торпедные катера выходили из Расина для следования в бухту Улисс, имея на борту снятый с Расина разведывательный отряд. Предполагалось, что торпедные катера взорвались на акустической мине. ТКА-568 получил серьезные повреждения, кроме того, взрывной волной были выброшены за борт и утонули два человека из состава разведотряда. Второй катер получил незначительные повреждения. Этим, однако, дело не ограничилось. 13 августа в 12 часов 58 минут взорвалась мина за кормой ТЩ-279, следовавшего к острову Масеми для несения дозора. Повреждений тральщик не получил, но все же к нему были направлены два катера, а сам он встал на якорь.
14 августа в 12 часов двум тральщикам (ТЩ-279 и ТЩ-281) было приказано открыть артиллерийский огонь для поддержки высадки десанта на остров Хам.
был сформирован специальный отряд траления в составе пяти тральщиков, трех катеров-тральщиков, двух сетевых заградителей («Зея» и «Бурея»), тралбаржи и самоходной станции размагничивания.
при овладении Расином на минах подорвался и затонул торпедный катер, получили повреждения тральщик, два транспорта, танкер и сторожевой катер
В ночь на 14 августа в Сейсин прорвался отряд кораблей, возглавляемый командиром дивизиона фрегатов капитаном 3 ранга М. Г. Быкаловым, в составе сторожевого корабля ЭК-2 и ТЩ-278 (типа АМ)
Удары по противнику с воздуха дополнялись действиями корабельной артиллерии. 16 августа с 15 часов
минный заградитель «Аргунь» перенес огонь на здание электростанции, где засели японцы. С 16 часов 20 минут
эскадренный миноносец «Войков»,
сторожевые корабли «Метель» и «Вьюга», а также минный заградитель «Аргунь» обстреляли металлургический завод и скопление войск противника в районе жиркомбината. Всего в период с 14 по 16 августа корабли (в общей сложности более 10 единиц) провели свыше 65 стрельб по береговым целям, в результате которых было уничтожено до двух батальонов японской пехоты, 13 огневых точек, восемь дзотов, различная боевая техника, разрушен шоссейный мост, подавлены две зенитные 75-мм батареи, 13 артиллерийских и минометных батарей и более 15 огневых точек, неоднократно подавлялись светящие прожекторы, были рассеяны до трех рот пехоты и отдельные колонны, поврежден бронепоезд противника. Особенно отличился
фрегат ЭК-9, которым командовал капитан-лейтенант В. В. Михайлин, ставший впоследствии адмиралом.
Для высадки были выделены свыше 30 вымпелов, в том числе сторожевой корабль «Зарница», транспорт «Петропавловск», два больших охотника, четыре тральщика, четыре катера МО, катер-тральщик и 21 торпедный катер.
Для высадки десанта в порт Маока был сформирован отряд в составе сторожевого корабля, минного заградителя, двух больших охотников, пяти сторожевых катеров, четырех тральщиков, шести транспортов и четырех торпедных катеров. Все эти корабли были сведены в три десантных отряда и отряд охранения, в который вошли торпедные катера и отряд корабельной поддержки, состоявший из сторожевого корабля «Зарница» и минного заградителя «Океан».
Для уточнения некоторых данных 18 августа с подводной лодки Щ-18 близ Маоки была высажена разведывательно-диверсионная группа из пяти человек
Для овладения северными островами Курильской гряды
Корабельные силы в составе до 60 вымпелов формировались в четыре отряда, имевшие следующий состав: отряд транспортов и высадочных средств — плавучая батарея «Север», гидрографические суда «Полярный» и «Лебедь», 14 транспортов, 15 десантных судов, две самоходные баржи, четыре высадочных судна типа «Кавасаки»; отряд охранения — 2-й и 3-й дивизионы сторожевых катеров типа МО-4 (восемь катеров); отряд траления — тральщики «Веха», № 155, 156, 525, катера-тральщики № 151 и 154; отряд огневой поддержки — сторожевые корабли «Дзержинский», «Киров» и минный заградитель «Охотск»127.
Для проведения операции по занятию островов центральной части Курильской гряды
24 августа в 21 час 30 минут сторожевой корабль «Дзержинский» с десантом вышел из бухты Катаока для следования к острову Матуа. На следующий день в 14 часов отряд прибыл на Матуа. в полдень 26 августа вышел к острову Кетой. Убедившись, что на этом острове японских войск нет, командир отряда принял решение следовать к острову Симушир, и к середине следующего дня СКР «Дзержинский» вошел в бухту Симушир. Обследовав близлежащую часть острова, командир отряда убедился, что на его восточном побережье войск противника нет. Доложив об этом командующему КОР, он запросил разрешение следовать к острову Уруп.
27 августа в 9 часов 45 минут генерал А. Р. Гнечко получил от Военного совета 2-го Дальневосточного фронта распоряжение о занятии в жесткий срок острова Уруп. В этой связи командующий КОР совместно с командиром ПВМБ капитаном 1 ранга Д. Г. Пономаревым решили высадить для разведки Итурупа одну роту 302-го стрелкового полка со сторожевого корабля «Киров» (флагманский корабль командира ПВМБ), а пароходы «Менжинский», «Рефрижератор № 2» и ДС-6 в охранении сторожевого корабля «Киров» и ТЩ-334 немедленно направить в район островов Симушир и Уруп, при этом с «Москальво», «Рефрижератора № 2» и ДС-6 высадить десант на Симушир.