Я, не смог прочитать весь топик до конца, но отвечу на те вопросы с которого он начинался. Рибосома это комплекс который синтезирует белки с потрясаюшей точностью и более того ее работа может регулироваться.
Синтезировать полипептиды не сложно, можно даже в той же кастрюле что вы варите боршь, проблема в том чтобы получить только конкретнуй последовательность, а не весь вероятностный набор.
Полипептид всегда белок, но белок не всегда пептид (как у капитана Врунгеля про селедку). Белки могут состоять из нескольких полипептидов, могут включать другие группы (полисахариды, липиды ит.д.).
Еше хотел бы обратить внимание на то, что бактерии биохимически намного нас сложнее.