Alex870> Т.е. если приходят сразу два фронта (на INT0 и INT1 одновременно) то Вы хотите сказать, что исполнятся оба обработчика? Не одновременно а в последовательности перечисления векторов в ДШ.
О прерываниях в AVR на avr123.nm.ru/03.htm
при этом в первом обрабатываемом прерывания можно очистить флаг другого прерывания и таким образом отменить его выполнение.
либо в обработчике первого можно выполнить и то что нужно делать во втором если флаг второго равен "1"
Alex870> до сих пор не знаю как это правильно сделать - чтобы сначала работало только INT1 а потом только INT0 и так далее Из сказаного выше следует что можно сделать INT0 и затем INT1
т.е. вам нужно поменять подключение сигналов.