-
Зверь: Все сообщения за 19 Октября 2006 года
| Пн | Вт | Ср | Чт | Пт | Сб | Вс |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ||||||
| 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
| 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
| 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 |
| 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 |
| 30 | 31 |
marata>>> Дрожжи, дрожжи внедрять надо 
Зверь>> Куда будем выпускать синтезированный спирт? В желудок, в кровь или непосредственно в мозг? Какие критерии регуляции?
Ведмедь> Немножко внутрь, а остальное в специальный кожистый мешок - и сливать. Все на продажу!
спиртовую корову? Зачем для этого использовать человека? :|
Зверь>> Куда будем выпускать синтезированный спирт? В желудок, в кровь или непосредственно в мозг? Какие критерии регуляции?
Ведмедь> Немножко внутрь, а остальное в специальный кожистый мешок - и сливать. Все на продажу!
спиртовую корову? Зачем для этого использовать человека? :|
инфо
инструменты
stas27> Проблема в другом - подготовка собственно матриц для секвенирования, и стоимость реагентов для секвенирования же. Скажем, делая в лоб шотган человеческого генома, тот же Вентер должен был отсеквенировать около 10млн клонов (плюс-минус).
Все время забываю, что человек диплоиден -> надо клонировать (геном должен перекрываться несколько раз). Еще одна проблема для решения.
stas27> Ну пусть будут читать за раз 10000 (в 10 раз больше) - все равно выделить/прогнать 1млн клонов за неделю невозможно.
в Автоматическом секвинаторе все четыре реакции бегут в одной трубке(A,C,G,T)- тонюсенький стеклянный капиляр-> ограничение по тому сколько их влазит в машины определяеться тем сколько способны общитать одим лазером (боюсь ошибиться порядком -> пусть будет 1000)....много (200) лазеров-> за 5 дней
stas27> А вот, скажем, с polonies ты получаешь около 100 млн парных сиквенсов за один проход (проход занимает около 3 дней). Учитывая, что они могут снимать около 19-25 нуклеотидов на этот самый проход, это около 5 гигабукв. Правда, собирать такие пока никто не умеет, но разница во производительности налицо. При этом точность определения сиквенса порядка 10Е-6 (мягко говоря, заметно лучше, чем у полимераз).
Точность полимеразы 10Е-3, более продвинутые 10Е-4, екзонуклеза дает еще 10Е-2, потом реакция идет более чем с 10 копий.... когда использовали радио.нуклеотиды для метки -> проявленая пленка была как документ, но взять за раз могли что-то около 100.
stas27> З.Ы. Авторы (Т. George Church and Co) приводят также схему собственно читалки, которая якобы собирается из коммерчески доступных компонентов за 100 куев...
посмотрю будет время
Все время забываю, что человек диплоиден -> надо клонировать (геном должен перекрываться несколько раз). Еще одна проблема для решения.
stas27> Ну пусть будут читать за раз 10000 (в 10 раз больше) - все равно выделить/прогнать 1млн клонов за неделю невозможно.
в Автоматическом секвинаторе все четыре реакции бегут в одной трубке(A,C,G,T)- тонюсенький стеклянный капиляр-> ограничение по тому сколько их влазит в машины определяеться тем сколько способны общитать одим лазером (боюсь ошибиться порядком -> пусть будет 1000)....много (200) лазеров-> за 5 дней
stas27> А вот, скажем, с polonies ты получаешь около 100 млн парных сиквенсов за один проход (проход занимает около 3 дней). Учитывая, что они могут снимать около 19-25 нуклеотидов на этот самый проход, это около 5 гигабукв. Правда, собирать такие пока никто не умеет, но разница во производительности налицо. При этом точность определения сиквенса порядка 10Е-6 (мягко говоря, заметно лучше, чем у полимераз).
Точность полимеразы 10Е-3, более продвинутые 10Е-4, екзонуклеза дает еще 10Е-2, потом реакция идет более чем с 10 копий.... когда использовали радио.нуклеотиды для метки -> проявленая пленка была как документ, но взять за раз могли что-то около 100.
stas27> З.Ы. Авторы (Т. George Church and Co) приводят также схему собственно читалки, которая якобы собирается из коммерчески доступных компонентов за 100 куев...
посмотрю будет время
stas27> Кончился он досрочно только потому, что т. Вентер смог обойти на вираже неповоротливых т. из NIH. А то по их планам он бы так и тянулся до 2010 года... А мощности вычислительные как ни крути, нужны очень солидные. На коленке никак не получится в указанное время...
Не только, в Оклахоме была одна из лабораторий по секвенированию (дешевле). Я на доклад дяденьки не пошел (глава лаб. по секвенированию) так что, со слов друга: "У них был непосредственный контакт с производителями техники, любое рац.предложение моментально внедряли.
По мимо генома человека по проэкту отсеквенировали геномы всех генетических обьектов и ...риса(спасибо китайцам)
stas27> Ничего быстрее мегабласта для этого я не знаю. А нам надо картировать несколько миллионов таких последовательностей (если даже только искать разницу). 16.5 сек * 10 000 000 = 165 000 000 сек (или 1909 суток)... (у меня машина лимитирована дисковой подсистемой - SCSI2 не справляется... 70% времени проца - ожидание ввода-вывода)
Тебе надо найти уникальный участок длиной 20 пар, дальше едешь как по лыжне. Более того если праймер уникальный этот участок даже искать не надо.
Зверь>> Геном оже отсеквенирован(его уже не надо собирать надо найти разницы...)
stas27> А сколько дырок в "отсеквенированном" геноме?
Там наскольку помня проблема не в скорости (повторы)
Не только, в Оклахоме была одна из лабораторий по секвенированию (дешевле). Я на доклад дяденьки не пошел (глава лаб. по секвенированию) так что, со слов друга: "У них был непосредственный контакт с производителями техники, любое рац.предложение моментально внедряли.
По мимо генома человека по проэкту отсеквенировали геномы всех генетических обьектов и ...риса(спасибо китайцам)
stas27> Ничего быстрее мегабласта для этого я не знаю. А нам надо картировать несколько миллионов таких последовательностей (если даже только искать разницу). 16.5 сек * 10 000 000 = 165 000 000 сек (или 1909 суток)... (у меня машина лимитирована дисковой подсистемой - SCSI2 не справляется... 70% времени проца - ожидание ввода-вывода)
Тебе надо найти уникальный участок длиной 20 пар, дальше едешь как по лыжне. Более того если праймер уникальный этот участок даже искать не надо.
Зверь>> Геном оже отсеквенирован(его уже не надо собирать надо найти разницы...)
stas27> А сколько дырок в "отсеквенированном" геноме?
Там наскольку помня проблема не в скорости (повторы)
stas27> Мы снимали около 250... С секвенаторов снимают под 1000 сейчас...
Грязными 1000, реально читабельных около 600-800. Если все совпало принимаем, если нет нужно поттвердить секвенированием с другого конца.
Грязными 1000, реально читабельных около 600-800. Если все совпало принимаем, если нет нужно поттвердить секвенированием с другого конца.
stas27> Да нет, в твоём подходе диплоидность б-м ни при чём (как-никак, HGP отсеквенировал "моноплоидный" геном). Проблема в том, что для аккуратного, длинного и эффективного чтения нужны подходящие матрицы, и лучше, чем на плазмидах/М13 не получается.
Если бы не диплоидность можно гнать сиквенс прям с клеток (тот же PCR, только слегка навороченый)
Можно конечно разделять хромосомы -> одна хромосома (2 нити ДНК) одна реакция.
Если бы не диплоидность можно гнать сиквенс прям с клеток (тот же PCR, только слегка навороченый)
Можно конечно разделять хромосомы -> одна хромосома (2 нити ДНК) одна реакция.
D.K.> Друзья, подскажите плиз:
D.K.> Нашел тут фотообъектив Canon EF 28-135 f/3.5-5.6 IS USM Светосила на длинном конце конечно маловата, но есть оптический стабилизатор изображения, на фото форумах мнения о нем крайне противоречивы, может вы чего подскажете. Стоит его покупать или нет.
D.K.> Да, фотоаппарат Canon 350D
IMO,по опыту с паносониковскими камерами: OIS -eqv. одному Fстопу. Типа если резкие кадры получались на 1/20с, то с OIS на 1/10с.
т.е плюс минус лапоть f/3.5-5.6 с IS будет соответсвовать f/2.5-4.0 без IS
P.S. Дефектов от использования OIS я не видел, но панасонике конечно стоят обьективы разработки Leica.
D.K.> Нашел тут фотообъектив Canon EF 28-135 f/3.5-5.6 IS USM Светосила на длинном конце конечно маловата, но есть оптический стабилизатор изображения, на фото форумах мнения о нем крайне противоречивы, может вы чего подскажете. Стоит его покупать или нет.
D.K.> Да, фотоаппарат Canon 350D
IMO,по опыту с паносониковскими камерами: OIS -eqv. одному Fстопу. Типа если резкие кадры получались на 1/20с, то с OIS на 1/10с.
т.е плюс минус лапоть f/3.5-5.6 с IS будет соответсвовать f/2.5-4.0 без IS
P.S. Дефектов от использования OIS я не видел, но панасонике конечно стоят обьективы разработки Leica.
stas27> Дык гонят. Ну будет у тебя 2 буквы в одном месте (если диплоидность), так всякие polyphreds вполне с этим разберутся. Вон Коллинз с этим, как его... Из MIT мужик... Именно так свой Tumor Genome Project и собираются делать. Tumor DNA -> Whole Genome Amplification -> exon amplification -> sequencing... См. недавнюю статью Фогельстиновской империи о мутациях в раках груди и прямой кишки...
Можно ссылку, если не влом.
Навскидку сразу несколько проблем представляеться: как обходиться с делециями, дубликациями, транслокациями; горячие точки мутагенеза (для полемеразы).
P.S. нечто похожее использовал Kunkel (лет 10 назад)на дрожжах, чтобы доказать гетреозиготность.
Зверь>> Можно конечно разделять хромосомы -> одна хромосома (2 нити ДНК) одна реакция.
stas27> А как? Флоу сортинг всё равно до конца не разделит -> шум в сиквенсах...
Это было идеей... :/ если разделять одна хромосома одна реакция со специфичным праймеров, то в случае с неправильной хромосомой будет дырка.
Шум он всегда есть (горячие точки ->где плимераза склонна ошибаться чаще обычного)
Можно ссылку, если не влом.
Навскидку сразу несколько проблем представляеться: как обходиться с делециями, дубликациями, транслокациями; горячие точки мутагенеза (для полемеразы).
P.S. нечто похожее использовал Kunkel (лет 10 назад)на дрожжах, чтобы доказать гетреозиготность.
Зверь>> Можно конечно разделять хромосомы -> одна хромосома (2 нити ДНК) одна реакция.
stas27> А как? Флоу сортинг всё равно до конца не разделит -> шум в сиквенсах...
Это было идеей... :/ если разделять одна хромосома одна реакция со специфичным праймеров, то в случае с неправильной хромосомой будет дырка.
Шум он всегда есть (горячие точки ->где плимераза склонна ошибаться чаще обычного)
Класс
пара комментариев
aspid_h> - возможность рефлекторно ограничивать кровопотери при ранении, без участия сознания. М.б. за счет дополнительных кровеносных сосудов
Между сосудами и так существуют перемычки за исключением крупных, достаточно будет просто пережать (кольцевые гладкие мускулы) концы поврежденного сосуда.
aspid_h> - изменение строения колен и стоп, так чтобы выдерживали бОльшие нагрузки
есть идеи как?
aspid_h> - при всех перечисленных изменениях нельзя терять возможнось иметь потомство от немодифицированных или обладающих другими модификациями людей.
В этом и идея использовать только почти пустую Y хромосому. Т.е. мальчики будут модифицированными, девочки нормальными.
Чтобы женщинам было необидно, можно создать Z хромосому (за определение пола отвечает совсем небольшое колличество генов). Тогда потомство будет: 1 нормальные девочки:1модифицированные девочки:1 малчики (модифицированные или нет зависит от папы)
пара комментариев
aspid_h> - возможность рефлекторно ограничивать кровопотери при ранении, без участия сознания. М.б. за счет дополнительных кровеносных сосудов
Между сосудами и так существуют перемычки за исключением крупных, достаточно будет просто пережать (кольцевые гладкие мускулы) концы поврежденного сосуда.
aspid_h> - изменение строения колен и стоп, так чтобы выдерживали бОльшие нагрузки
есть идеи как?
aspid_h> - при всех перечисленных изменениях нельзя терять возможнось иметь потомство от немодифицированных или обладающих другими модификациями людей.
В этом и идея использовать только почти пустую Y хромосому. Т.е. мальчики будут модифицированными, девочки нормальными.
Чтобы женщинам было необидно, можно создать Z хромосому (за определение пола отвечает совсем небольшое колличество генов). Тогда потомство будет: 1 нормальные девочки:1модифицированные девочки:1 малчики (модифицированные или нет зависит от папы)
stas27> Cм. ПДФку.
Спасибо!
Спасибо!
stas27> А вроде везде пишуть до 2 стопов (3 стопов для второго поколения)? Или преувеличивают? Сам я им не пользовался, так что не знаю.
Так плюс минус лапоть. Наверно зависит от ситуации (амплитуды колебаний ...), потом использовал только mode 1, вроде как mode 2 несколько лучше.
Так плюс минус лапоть.
Наверно зависит от ситуации (амплитуды колебаний ...), потом использовал только mode 1, вроде как mode 2 несколько лучше.
stas27>> Но вопрос-то, насколько я понимаю, в том, хорош или не хорошо 28-135 кэноновский как объектив... ПМСМ, 42 мм effective на широком конце - и не туды, и не сюды. В помещении лучше бы в общем случае что-то пошире (типа 28mm effective). Но в конечном счёте всё зависит от того, что человек снимает.
D.K.> Как раз в помещении редко снимаю, но часто бывают большие панарамы.
IMO, в даном случае IS трипод не заменит.
D.K.> Как раз в помещении редко снимаю, но часто бывают большие панарамы.
IMO, в даном случае IS трипод не заменит.
Зверь> Это было идеей... :/ если разделять одна хромосома одна реакция со специфичным праймеров, то в случае с неправильной хромосомой будет дырка.
Акело промахнулся , чтобы было как я хочу нужно снять все 4 реакции с хромосомы.
P.S. Вообщем проблема, как разделить гомологичные хромосомы, остаеться.
Акело промахнулся
, чтобы было как я хочу нужно снять все 4 реакции с хромосомы.P.S. Вообщем проблема, как разделить гомологичные хромосомы, остаеться.
stas27> Дык гонят. Ну будет у тебя 2 буквы в одном месте (если диплоидность), так всякие polyphreds вполне с этим разберутся. Вон Коллинз с этим, как его... Из MIT мужик... Именно так свой Tumor Genome Project и собираются делать. Tumor DNA -> Whole Genome Amplification -> exon amplification -> sequencing... См. недавнюю статью Фогельстиновской империи о мутациях в раках груди и прямой кишки...
Они применяли метод для ограниченых последовательностей, будет ли это разумно использовать для всего генома.....может , если мы заменим флюорофоры на равные по весу и заряду (сможем читать не только 0,1 для каждого нуклеотида но и 0,1,2)
Они применяли метод для ограниченых последовательностей, будет ли это разумно использовать для всего генома.....может , если мы заменим флюорофоры на равные по весу и заряду
(сможем читать не только 0,1 для каждого нуклеотида но и 0,1,2)
Ведмедь>> А нам, лысым, дать новые волосы
ad2> Лучше длинную шерсть по всему телу. Это значительно упростит выживание в надвигающемся ледниковом периоде. Женщины будут обстригать мужчин и вязать из шерсти себе одежду.
Еще перевести на сено и получаться натуральные ангорские козлы.
Вообще короткая шерсть по всему телу на подобие гладкошерстных котов (агути, представте женщин XZ) будет выглядеть намного эстетичней, но проблема: ноshение одежды -> протрет проплешены (от нее стоит отказаться?), второе -потоотделение -> волосы впитывают запах, нужна тогда более совершенная система защиты от перегрева, чем потоотделение
ad2> Лучше длинную шерсть по всему телу. Это значительно упростит выживание в надвигающемся ледниковом периоде. Женщины будут обстригать мужчин и вязать из шерсти себе одежду.
Еще перевести на сено и получаться натуральные ангорские козлы.
Вообще короткая шерсть по всему телу на подобие гладкошерстных котов (агути, представте женщин XZ) будет выглядеть намного эстетичней, но проблема: ноshение одежды -> протрет проплешены (от нее стоит отказаться?), второе -потоотделение -> волосы впитывают запах, нужна тогда более совершенная система защиты от перегрева, чем потоотделение
foogoo> Надо нарастить москх. Шоба все вумные были.
Размер и масса мозга не связанны на прямую с уровнем интелекта. Места в коробочке полно...
Размер и масса мозга не связанны на прямую с уровнем интелекта. Места в коробочке полно...
minchuk> Из того, что я прочитал и понял по ЭТОМУ номинанту — "премию мира" в этом году, видимо, все же, вручили "по делу".
Он перевернул принцип банковской системы:"давать деньги не тому у кого больше денег, а кому они больше нужны".
Помниться в ельцинские времена когда зарплату месяцами задерживали.... а тут надо надо картошку сажать (за навоз заплатить, трактаристу заплатить, семенной картошки докупить)бежишь к доброму дяде, старому знакомого и другу.
Он перевернул принцип банковской системы:"давать деньги не тому у кого больше денег, а кому они больше нужны".
Помниться в ельцинские времена когда зарплату месяцами задерживали.... а тут надо надо картошку сажать (за навоз заплатить, трактаристу заплатить, семенной картошки докупить)бежишь к доброму дяде, старому знакомого и другу.
Copyright © Balancer 1997..2024
Связь с владельцами и администрацией сайта: anonisimov@gmail.com, rwasp1957@yandex.ru и admin@balancer.ru.
Связь с владельцами и администрацией сайта: anonisimov@gmail.com, rwasp1957@yandex.ru и admin@balancer.ru.
