С поверхности. Бактерии и грибы разрушающие органику (остатки растений, помет и пр.) выделяют ферменты за пределы клетки, те расщепляют крупные молекулы до аминокислот и моносахаров, которые и поглащаються клеткой. В случае дождя как сами бактерии так и расщепленная органика может быть вымыта.