qt3 и qt4 становятся в разные слоты и друг другу не мешают. Вообще, зависимости сами всё должны разрулить. Если же ручками qt3 надо поставить, то не "emerge qt" (встанет максимальная разрешённая версия), а "emerge =qt-3*".
Флаг же, если только для одного qt, нужно прописать в /etc/portage/package.use, если для всей системы, то в /etc/make.conf
Вручную USE="..." перед emerge не рекомендуется. Т.к. проживёт до первого обновления или "emerge -N"
… чтобы понять рекурсию, нужно сперва понять рекурсию …